隨著畜禽養殖業的發展，畜禽養殖和大規模畜牧業產生的大部分廢水已成為水污染的主要來源之一。畜禽廢水如果直接排出，它不會只對地表水和地下水造成嚴重破壞，還將嚴重影響農田生態系統，破壞生態環境。

中共中央、國務院早就將將畜禽養殖污染防治工作列入中央一號文件,明確指出推進農業清潔生產,加快畜禽糞便集中處理。國務院印發文件曾明確提出到2020年我國將建立科學規范、權責清晰、約束有力的畜禽養殖廢棄物資源化利用制度,全國畜禽糞污綜合利用率達到75%以上,規模養殖場糞污處理設施裝備配套率達到95%以上。生態環境部、農業農村部在2019年9月聯合召開了規范畜禽養殖禁養區劃定和管理促進生豬生產發展視頻會,明確表示通過科學制定種養循環發展規劃、強化政策支持、加強技術推廣、健全標準體系和建立市場機制等舉措,加快推進畜禽養殖糞污資源化利用,構建種養結合、農牧循環的可持續發展新格局。目前我國畜禽養殖業正逐步向集約化、專業化方向發展,現在我們的問題已經從畜禽養殖污水處理變成了如何在確保畜禽養殖規模的前提下,加快推進污染防控、種養結合,在當前甚至未來一定時期內保障我國畜禽養殖業可持續發展的重大現實問題。

將生物有機肥和化學肥料進行對比，不難得出生物肥料中的有機物質含量較高，尤其適用于土地開墾和土壤改良。生物有機肥的適用面非常廣，包括各種糧食作物、經濟作物、有機農場等對生物有機肥都有較高需求，并且施用生物有機肥所生產出來的糧食與蔬菜的口感更佳，如果用到經濟作物，更能夠顯著提升其經濟價值，因此備受農戶歡迎。將畜禽養殖廢棄物制作成有機肥后，可以賣出相當不錯的，僅比普通復合肥的市場價略低，市場前景可謂是非常廣闊。