水產(chǎn)業(yè)的不斷發(fā)展伴隨著大量的養(yǎng)殖廢水排放，這使得水體污染愈加嚴(yán)重，隨之也產(chǎn)生了一系列的環(huán)保方面問題。養(yǎng)殖污染已在不知不覺間成為繼工業(yè)污染、生活污染之后的第三大污染源，成為我國水源污染的主要原因之一。

目前，養(yǎng)殖方式已由以前的粗養(yǎng)、半精養(yǎng)向精養(yǎng)過渡，但由于片面追求經(jīng)濟(jì)效益，養(yǎng)殖密度過大，養(yǎng)殖品種單一，養(yǎng)殖水體中自然生態(tài)體系的平衡容易被打破，自身污染嚴(yán)重。所以水產(chǎn)養(yǎng)殖污水處理，必須引起社會的重視。這些養(yǎng)殖場產(chǎn)生的污染如得不到及時(shí)的處理，必將產(chǎn)生對環(huán)境的極大危害，造成生態(tài)水產(chǎn)品品質(zhì)下降，環(huán)境惡化且危及人們的健康。

水產(chǎn)養(yǎng)殖污水中主要的污染物有氨氮、有機(jī)污染物、亞硝酸鹽、磷及污損生物。目前，我國已開展了一些港灣及傳統(tǒng)網(wǎng)箱養(yǎng)殖區(qū)的污損生物調(diào)查研究。與工業(yè)、生活污水不同，水產(chǎn)魚污水屬污染物成分簡單的低濃度有機(jī)污水，BOD一般較低。但水產(chǎn)生物對水質(zhì)的要求較高，氨氮和硫化氫是育苗水體中最普遍的有害物質(zhì)，水體中的氨氮和硫化氫濃度會隨著育苗的進(jìn)行而逐漸升高。氨氮是水產(chǎn)生物的排泄物，也是殘餌、糞便以及動植物尸體等含氮有機(jī)物分解的終產(chǎn)物。硫化氫則是由于含硫有機(jī)物在缺氧條件下，由厭氧細(xì)菌分解形成。水質(zhì)和底質(zhì)敗壞而誘發(fā)弧菌等致病菌的大量繁殖，導(dǎo)致疾病發(fā)生，更多的則是由于生態(tài)系統(tǒng)的破壞和放養(yǎng)密度的增加而導(dǎo)致生態(tài)失衡的綜合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。

微生物直接或間接地作用于水產(chǎn)養(yǎng)殖對象和養(yǎng)殖環(huán)境，很好地分解養(yǎng)殖生物排泄物、殘餌以及浮游植物殘?bào)w等有機(jī)物，同時(shí)微生物鏈在水質(zhì)凈化中通過氧化、還原、同化和異化作用把有機(jī)物轉(zhuǎn)變?yōu)楹唵蔚幕衔铮ＷC水質(zhì)的正常功能，從而維持養(yǎng)殖環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)中養(yǎng)殖生物、病原、水質(zhì)間的平衡。

水環(huán)境表層有氧區(qū)氧化作用，底層無氧區(qū)無氧發(fā)酵作用使含碳物質(zhì)轉(zhuǎn)化為二氧化碳供植物光合作用利用。微生物在碳循環(huán)中的作用微生物參與碳循環(huán)的轉(zhuǎn)化，主要是通過它們對各種含碳化合物，特別是含碳無氮有機(jī)物的作用而進(jìn)行，其主要是常見的發(fā)酵和氧化作用。