大規模的畜禽業本身成本高，利潤低，畜禽廢水處理工藝又需要高額費用支持。因此，在選擇廢水處理工藝時，應優先考慮施工成本較低，運營管理成本較低，具有良好處理效果的工藝。在資源和能源逐漸缺乏的背景下，高效、低能耗流程的確能夠受到更多關注。

    結合最終處理和源頭控制，從根本上降低畜禽廢水處理的運行和處理成本，促進清潔生產，改革傳統的企業生產方法，這是廢水處理的主要發展趨勢。

開展畜禽養殖污染防治中應注意以下幾個問題

   1、廢棄物的收集、轉運比較麻煩，不易進行機械化處理，建議利用中轉堆放場進行收集存放，在降低人工作業強度的同時，降低糞污含水率，有條件的可以采用集裝箱存放，以便二次運輸。

   2、在進行塔式發酵的工業化堆肥設計時，需要微生物學家、建筑師、工程師等共同參與，慎重選擇機械設備，盡可能在保證堆肥效率的同時，降低運行能耗，以體現機械化生產的優勢。